Вопрос решился неожиданно.
В настройках витрины в регионах нужно выбрать страну Украина, и включить чек бокс
"Перенаправлять посетителей этого магазина в другой, где есть страны, к которым принадлежит IP посетителя."
Если не включать, то появляется вышеописанное окно с выбором страны.
Не нашел, где явно описано в документации по модулю, что это необходимо сделать.
Странно то что при отключении (удалении) модуля окно не переставало появляться.
Возможно существует какая-то логика взаимодействия с другими настройками системы, не плохо было бы иметь возможность ее изучить, а не гадать что происходит и дергать техподдержку.
Попутно возник вопрос.
Если заходить через ВПН, сайт открывается на русском. Как настроить так, чтобы он всегда открывался на украинском с любого IP?