То есть, вы даже не допускаете мысли о том, что это не баг, а недопонимание логики работы модуля..?
1. Если рекомендованный товар из товара выбран и доступен, то будет выведен он.
2. Если рекомендованный товар из товара выбран и недоступен, выбрана настройка "Наследовать товары: Все" и чекбокс "Наследовать, если товары недоступны" не отмечен, то не выведется ничего.
3. Если рекомендованный товар из товара не выбран, выбрана настройка "Наследовать товары: Все" и чекбокс "Наследовать, если товары недоступны" не отмечен,
3.1. выведется рекомендованный товар из категории, если он выбран и доступен. Если не выбран, то выведется рекомендованный товар из "интеллектуальной подборки".
3.2. если рекомендованный товар из категории выбран и недоступен, то не выведется ничего.
4. Если рекомендованный товар из товара выбран и недоступен, выбрана настройка "Наследовать товары: Все" и чекбокс "Наследовать, если товары недоступны" отмечен, то:
4.1. выведется рекомендованный товар из категории, если он выбран и доступен.
4.2. если рекомендованный товар из категории выбран и недоступен, то выведется рекомендованный товар из "интеллектуальной подборки".
Приоритет: (1) доступный товар из товара -> (2) доступный товар из категории -> (3) интеллектуальная подборка из категории.
Ещё раз внимательно прочитайте это:
Настройка "Наследовать, если товары недоступны" делает так, что если выбранные товары, КАК В ТОВАРЕ, ТАК И В КАТЕГОРИИ, по каким-то причинам недоступны для покупателя, то будут выбраны товары с наследования (учитывая настройку "Наследовать товары").